灯りを点ける、手を触れずに物を動かすといった魔法から、戦いのための魔法まで多種の魔法や魔法の品物が登場する。古今東西の実存する魔術体系を背景として利用している。大きな区分としては、西洋魔術、東洋呪術などがある。
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西洋魔術ではラテン語または古典ギリシャ語の呪文が唱えられる。ラテン語と古典ギリシャ語では、後者の方が上位の魔法であるとされる。呪文を唱える前に「始動キー」という、言葉としては意味を持たないパスワードのようなものを唱えるが、簡単な魔法では修練次第で省略できる。術者により始動キーは異なり、ネギは「ラス・テル・マ・スキル・マギステル」と唱える。
西洋魔術の力の源は魔力である。魔力とは、水や空気等、人間の周囲に存在する万物に宿るエネルギーである。呼吸をするように体内に取り込み、魔法の杖などの魔法発動体を媒介させて用いる。魔力を大量に消費すると、精神力を消耗して疲弊（限界を超えると気絶）してしまう。魔力を自在に操れるようになるには専門的な教育を受ける必要があり、世界各地に魔法学校が存在する。
これに対し、東洋呪術は陰陽術や真言、祝詞などが含まれる。陰陽師であれば符術を用いたり、式神を使役したりする。東洋呪術では魔力に加えて、人間の体内に秘められた生命エネルギーである気も用いる。
魔法ではないが拳法家などは気を用いて、瞬動術（縮地）や分身の術などの超人的な技を使用できる。気を魔力とは異なり、厳しい修練によって自然と体得できるものであるため、魔法の世界に携わらない一般人であっても使える者がいる。
マギステル・マギ（立派な魔法使い・偉大な魔法使い）
マギステル・マギは、世のため、人のために陰ながらその力を使う、魔法世界でも最も尊敬される仕事の一つ。魔法使いの世界に伝わる昔話にならって魔法使いをサポートする「ミニステル・マギ」と言われるパートナーがいた方がよいとされている。ネギの父、サウザンド・マスターもマギステル・マギである。
表向きには国連NGOとして活動している。
魔法使いとパートナー
魔法使いの世界に伝わる昔話にならって、魔法使いにはパートナーがいた方がよいとされている。元来、魔法使いは呪文詠唱中は全くの無防備であり、攻撃されれば呪文は完成しない。それを守護するパートナーが「ミニステル・マギ（魔法使いの従者）」である。今では戦うことはほとんど無いため恋愛対象とすることもある。魔法使いとの契約によってパートナーとなる。パートナーは魔法使いの魔力により身体能力を強化できる。
契約は原則一人としかできないが、お試し期間として何人とでもパクティオー（仮契約）することができる。契約方法はいろいろあるが、最も簡単なのが契約魔法陣上で魔法使いとキスすることである。
契約を行うと契約者が描かれた「パクティオーカード（従者のカード）」が出現する。魔法使いがオリジナル、従者がコピーを所持することで、互いの念話や、従者の召喚などが行える。カードには、その人の肖像、数、称号、方位、色調、星辰、徳性、名前などがラテン語で書かれている。なお、契約時に唇以外の場所や形代にキスを行うと不完全な契約となり、「スカ」カードが出現する。
また、各パートナーごとに、潜在能力をさらに引き出すことができる固有のアーティファクトが与えられる。呼び出す際は「アデアット（来れ）」、しまう際は「アベアット（去れ）」という呪文を唱える（呪文の意味を理解する必要はない）。
魔法世界
「魔法世界」とは「現実世界」と対になって存在するもう一つの世界である。獣人や妖精などが存在し、魔法技術を基盤とした独自の文明が発達している。魔法の世界といっても夢とメルヘンにあふれているわけではなく、地球と同様の現実的な世界である。
この世界に地球から移住してきた人間、新しき民は「北の連合」を、先住の獣人ら古き民は「南の帝国」を形成し共存してきた。しかし、20年前に陰謀を企む者が対立を煽り両者は戦争状態になった。真相を暴き、世界を滅亡の危機から救ったのがサウザンド・マスターに率いられた「紅き翼」であった。
担任
ネギ・スプリングフィールド - 佐藤利奈
麻帆良学園女子中等部3-A（2-A）
相坂さよ（あいさか さよ） - 白鳥由里
明石裕奈（あかし ゆうな） - 木村まどか
朝倉和美（あさくら かずみ） - 笹川亜矢奈
綾瀬夕映（あやせ ゆえ） - 桑谷夏子
和泉亜子（いずみ あこ） - 山川琴美
大河内アキラ（おおかわち アキラ） - 浅倉杏美
柿崎美砂（かきざき みさ） - 伊藤静
神楽坂明日菜（かぐらざか あすな） - 神田朱未
春日美空（かすが みそら） - 板東愛
絡繰茶々丸（からくり ちゃちゃまる） - 渡辺明乃
釘宮円（くぎみや まどか） - 出口茉美
古菲（クー フェイ） - Hazuki
近衛木乃香（このえ このか） - 野中藍
早乙女ハルナ（さおとめ ハルナ） - 石毛佐和
桜咲刹那（さくらざき せつな） - 小林ゆう
佐々木まき絵（ささき まきえ） - 堀江由衣
椎名桜子（しいな さくらこ） - 大前茜
龍宮真名（たつみや まな） - 佐久間未帆
超鈴音（チャオ リンシェン） - 大沢千秋（初代）／高本めぐみ（2代目）
長瀬楓（ながせ かえで） - 白石涼子
那波千鶴（なば ちづる） - 小林美佐
鳴滝風香（なるたき ふうか） - こやまきみこ
鳴滝史伽（なるたき ふみか） - 狩野茉莉
葉加瀬聡美（はかせ さとみ） - 門脇舞以
長谷川千雨（はせがわ ちさめ） - 志村由美
エヴァンジェリン・A・K・マクダウェル - 松岡由貴
宮崎のどか（みやざき のどか） - 能登麻美子
村上夏美（むらかみ なつみ） - 相沢舞
雪広あやか（ゆきひろ あやか） - 皆川純子
四葉五月（よつば さつき） - 井上直美
ザジ・レイニーデイ - いのくちゆか
超鈴音（19番）役のみ交代している。
CD
CDの内容に関しては魔法先生ネギま!の関連商品を参照
魔法先生ネギま! 声のクラスメイトシリーズ
2004年1月から12月にかけて、『魔法先生ネギま! 声のクラスメイトシリーズ』としてマキシシングルが毎月発売された。内容はキャラクターイメージソング・Remixバージョン（HΛL、GTS、COLDFEET等が主にチューンを担当した）・Instrumentalバージョン・ミニドラマ・声優によるトークなど。
魔法先生ネギま! 学園生活を快適にすごすシリーズ
2004年4月から声のクラスメートシリーズと平行して発売されたドラマ・キャラクターソングが収録されたCD。それぞれにパイロット版アニメとそれが上映されたイベントの様子が収録されたDVDが同梱されている。